横浜市緑区長津田町に住んでいます。
調べてみると、王子神社と大石社がとても近くにあるみたいですが、正確に氏神様にお参りするにはどちらへ行くのが良いのでしょうか。

それぞれの神社に直接問い合わせてみては如何でしょうか。
神奈川県神社庁のＨＰにあります「神社検索」で両神社の連絡先が調べられます。
お近くなのでしたら、初詣は２社ともにお参りするのも良いかと存じます。
良い初詣となりますように。