ペットではないとのことで、失礼致しました。
馬は人と心を通わせられる大変賢い動物だと聞き及びますので、関わる方々におきましては大変心配しているのではとお察し申し上げます。
それでは神主さんに来ていただいて、お祓いののち、馬たちの健康をお祈りして頂くと言うのでは如何でしょうか。
このような出張祭典でしたら、動物である馬もお祓いを受けられるでしょう。
ご依頼される神社へ直接ご相談になってみてください。